NERV本部在进行模拟体测试实验时，于蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒。该使徒能够急速分裂、增殖，控制模拟体后开始侵蚀MAGI系统，并提速NERV自爆。
　　 对此，律子进入MAGI尚未被侵蚀的CASPER·3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了自灭促进程序，之后，使徒歼灭。
　　 这一剧本中理论的篇幅较大。真嗣与美里这类易被感情支配的角色出场比较少，但平日里冷静的律子这次却有大发挥。剧中源堂有一句台词是“进化的终点就是死亡”，曾任人工进化所所长的他的这句话，究竟有何含义呢？……
　　 绝大多数人都应该知道“小人国历险记”的故事吧，副标题中的LILLI-PUTIAN指的就是小人国的人类。真不知道体型巨大的EVA如何去应付这种细菌规格的使徒。

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