1999年 碇唯提出形上生物学突破性理论，被冬月采用，并成为冬月的爱生。
冬月保释出六分仪源堂，唯与源堂开始交往。
2000年
8月15日
南极的葛城调查队提出S^2机关理论，并预定在9月13日进行亚当融合实验。
9月13日
实验出乎意料，亚当力量觉醒，南极大陆大爆炸，全世界发生第2次冲击。唯一生还者---葛城美里。
源堂和唯一同加入SEELE。碇唯和源堂结婚，源堂改姓为碇。
2002年
冬月正调查第2次冲击的真相，并发现光之巨人的疑点，并发现新闻经过幕后操纵。
患上失语症的小美理，被安排在南极调查船的第1隔离室内静养。
2003年
箱根人工进化研究所： 冬月指责源堂隐瞒2次冲击的真相，并要求对外公报。
源堂带冬月往地下都市。E计划确定存在。零号机雏型登场。
冬月加入SEELE的组织。
研究室内，赤木博士母女登场。
2004年
11月
箱根的地底第2实验场，进行着EVA接触实验，实验失败，唯死亡。
唯死后1周，开始进行亚当计划和人类补完计划。
小真嗣登场。
2005年
第二迁都计划，第三新东京市兴建计划展开。
第二东京大学，律子认识了美里，美里与加持交往。
复制人绫波零诞生。
2008年
MAGI基础理论完成。
律子进入GEHIRN，美理也进入GEHIRN德国分部。律子看见母亲尚子和源堂私通。
明日香成为第2适任者，其母京子自杀。
2010年
天顶都市初步完成。 一人目小绫波零登场。
直子向律子表示MAGI是三个自己，后直子由小零口中得知源堂的真正目的后，愤而杀死小零后自杀。之后GEHIRN改名特务机关NERV。
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